Il museo è stato riaperto il 6 dicembre 2003 nella nuova sede espositiva di viale Cristoforo Colombo 92, di fronte alla piazza del Pescatore (una volta sede del Museo Ittico).
La singolarità del Museo delle Anfore è quella di riunire anfore diverse per tipologia e cronologia in quanto recuperate lungo tutto il Mediterraneo dalle reti dei motopescherecci della marineria di San Benedetto del Tronto che praticavano la pesca a strascico in aree diverse, dall'Egeo allo Ionio, dal Tirreno al mare di Sicilia e, naturalmente, all'Adriatico.
Queste anfore entrarono a far parte della collezione del dottor Giovanni Perotti, che nel 1988 le donò al Comune, e sono giunte fino a noi per raccontare la straordinaria storia del mare Mediterraneo e delle sue civiltà. La collezione rappresenta infatti un unicum in Italia in quanto raccoglie reperti sottomarini di epoche e civiltà diverse (cananee, fenicie, puniche, greche, romane, bizantine) dai quali è possibile ricostruire la storia eccezionale di questo mare che ha visto nascere quasi tutte le più antiche civiltà che dal vicino oriente si sono propagate verso occidente, quasi seguendo il corso del sole.
Il Museo delle Anfore rappresenta la prima tappa del futuro Museo del Mare, un unico complesso che raccoglierà anche i reperti dell'Antiquarium Truentino e del Museo della Pesca e Civiltà Marinara, collegato sul piano culturale e logistico al Museo Ittico e Paleontologico, ospitato nei vicini locali del Mercato Ittico, con l'intento di unificare un patrimonio museale ricco e diversificato.
L'allestimento è stato concepito per conciliare l'intento scientifico con quello divulgativo e le varie tappe espositive (i commerci, i prodotti, le anfore, la ricerca subacquea, l'architettura navale) sono illustrate da pannelli descrittivi e schede didattiche. E' stata inoltre realizzata la guida del Museo a cura del Servizio Tecnico alla Cultura della Regione Marche. La prima sala è "pavimentata" con una grande piattaforma di legno ritagliata con il profilo delle coste del Mediterraneo al cui interno sono alloggiate, in corrispondenza dell'area marina di rinvenimento, alcune anfore di tipologia e produzione diversa per introdurre l'argomento riguardante le rotte commerciali ed i prodotti esportati via mare nelle varie epoche. La visita prosegue nella seconda sala dove è possibile conoscere nel dettaglio gli aspetti tipologici e funzionali delle anfore più significative delle varie epoche ordinate in progressione cronologica. Nella terza sala l'attenzione si concentra sul medio Adriatico e sulle coste del Piceno per illustrarne i commerci, i prodotti, la produzione di anfore, i rinvenimenti subacquei, mentre un pannello spiega i metodi di ricerca dell'archeologia subacquea. La visita si conclude scenograficamente nella quarta sala dove è ospitata l'imponente riproduzione, in scala reale, della sezione di una nave oneraria romana che offre l'occasione per conoscere nel dettaglio le tecniche di costruzione navale in epoca romana mentre la riproduzione di un fondale marino susciterà l'illusione di rivivere le fasi un recupero subacqueo.